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edgeR是什么

2020-11-03 16:03:07

edgeR是R語(yǔ)言軟件包,主要用于DNA測(cè)序技術(shù)產(chǎn)生的計(jì)數(shù)數(shù)據(jù)差異分析。特別是設(shè)計(jì)用于RNA-Seq或SAGE數(shù)據(jù)的差異表達(dá)分析。

什么是DEXSeq

2020-11-03 16:00:36

DEXSeq是R語(yǔ)言軟件包,主要通過(guò)樣品之間RNA-seq外顯子計(jì)數(shù)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)來(lái)發(fā)現(xiàn)外顯子的差異。

什么是DESeq2

2020-11-03 15:55:57

DESeq2是R語(yǔ)言軟件包,旨在用于高維計(jì)數(shù)數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化可視化和差異分析。

Strelka2是什么

2020-11-03 15:53:01

Strelka2是一種快速,準(zhǔn)確的小變異體調(diào)用程序,已用于分析小型隊(duì)列的種系變異和腫瘤/正常樣本對(duì)的體細(xì)胞變異。

如何配置topGO

2020-11-03 15:40:19

topGO是R語(yǔ)言軟件包,主要用于統(tǒng)計(jì)轉(zhuǎn)錄組的統(tǒng)計(jì)分析,包括靈活的差異表達(dá)分析。

Subread如何安裝

2020-11-03 15:37:24

一種通用的read對(duì)比軟件,它可以對(duì)比基因組DNA-seq和RNA-seq的reads,也可以用于發(fā)現(xiàn)基因組突變,包括短插入缺失和結(jié)構(gòu)變異。

什么是VCFtools

2020-11-03 15:34:11

VCFtools是一種可以對(duì)VCF文件和BCF文件進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換及過(guò)濾的工具,其中很多過(guò)濾及計(jì)算功能可以自己使用perl或者python編寫(xiě)腳本實(shí)現(xiàn),但都不如這個(gè)工具的運(yùn)算速度快。

SpeedSeq是什么

2020-11-03 14:58:13

SpeedSeq是一個(gè)快速基因組分析和注釋的靈活框架,發(fā)表在Nature Method上,封裝了大量基因組分析的軟件,比如比對(duì)軟件BWA,calling SNP軟件freebays,SV鑒定軟件lumpy等。

SeqTK是什么

2020-11-03 14:41:48

SeqTK是一種快速輕巧的工具,用于處理FASTA或FASTQ格式的序列。它可以無(wú)縫解析FASTQ和FASTA文件,也可以選擇使用gzip對(duì)其進(jìn)行壓縮。

SnpEff如何配置

2020-11-03 14:31:58

SnpEff是一款常用的突變位點(diǎn)注釋工具。這款軟件基于Java語(yǔ)言開(kāi)發(fā),安裝過(guò)程相對(duì)簡(jiǎn)單,下載后解壓縮即可使用。

RSEM是什么

2020-11-03 14:22:16

RSEM是用于從RNA-Seq數(shù)據(jù)分析的軟件包。RSEM軟件包提供了用戶友好的界面,支持用于EM算法,單端和雙端讀取數(shù)據(jù),質(zhì)量得分,可變長(zhǎng)度讀取和RSPD估計(jì)的并行計(jì)算的線程。

randfold是什么

2020-11-03 14:06:59

randfold是一個(gè)獨(dú)立的基因測(cè)序相關(guān)軟件,它從原始序列開(kāi)始隨機(jī)顯示其核苷酸順序。它根據(jù)改組后的序列計(jì)算推斷結(jié)構(gòu)的最小自由能(MFE),并多次重復(fù)計(jì)算以建立最小自由能(MFE)值的分布。

Picard是什么

2020-11-03 11:44:58

一組Java命令行工具,用于處理高通量排序(HTS)數(shù)據(jù)和格式。

什么是Oases

2020-11-03 11:11:49

Oases是一個(gè)轉(zhuǎn)錄組組裝器,旨在沒(méi)有任何基因組組裝的情況下從短讀測(cè)序技術(shù)生成轉(zhuǎn)錄本。

MISO是什么意思

2020-11-03 10:52:07

MISO(同工型混合物)是一種概率框架,可從RNA-Seq數(shù)據(jù)中定量分析可變剪接基因的表達(dá)水平,并鑒定樣品中差異調(diào)控的同工型或外顯子。通過(guò)從RNA-Seq中的同工型產(chǎn)生讀數(shù)的生成過(guò)程進(jìn)行建模,MISO模型使用貝葉斯推斷來(lái)計(jì)算讀數(shù)源自同工型的可能性。

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