簡介
一組Java命令行工具，用于處理高通量排序（HTS）數(shù)據(jù)和格式。
配置流程
1.配置編譯環(huán)境
安裝相關(guān)依賴。
yum install-y git java-1.8.0-openjdk
2.獲取源碼
獲取“picard-2.23.0”源碼包。
cd/usr/local/src git clone https://github.com/broadinstitute/picard.git
3.編譯和安裝
1）進入Picard目錄。
cd picard
2）編譯Picard。
./gradlew shadowJar
編譯完成后會在“build/libs”目錄里面生成“picard.jar”文件。
4.運行和驗證
執(zhí)行以下命令行查看Picard所包含的所有工具以及對應(yīng)的簡介。
java-jar build/lib/picard.jar-h
執(zhí)行完畢后會回顯類似如下信息：
USAGE：PicardCommandLine<program name>[-h] Available Programs: ------------------------------------------------------------------- Base Calling: Tools that process sequencing machine data,e.g.Illumina base calls,and detect... adapters CheckIlluminaDirectory Asserts the validity for specified Illumina basecalling data. CollectIlluminaBasecallingMetrics Collects Illumina Basecalling metrics for a sequencing run. ...
