簡(jiǎn)介
VCFtools是一種可以對(duì)VCF文件和BCF文件進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換及過濾的工具，其中很多過濾及計(jì)算功能可以自己使用perl或者python編寫腳本實(shí)現(xiàn)，但都不如這個(gè)工具的運(yùn)算速度快。
配置流程
1.配置編譯環(huán)境
安裝相關(guān)依賴。
yum install autoconf dh-autoreconf automake zlib-devel
2.獲取源碼
獲取“vcftools-0.1.16”源碼包。
cd/usr/local/src wget https://github.com/vcftools/vcftools/archive/v0.1.16.tar.gz-O vcftools-0.1.16.tar.gz
3.編譯和安裝
1）解壓并進(jìn)入源碼目錄。
tar-zxvf vcftools-0.1.16.tar.gz cd vcftools-0.1.16
2）生成configure文件。
.
/autogen.sh
3）配置生成Makefile。
./configure-prefix=/usr/local/vcftools
4）編譯安裝。
make-j4 make install
5）配置環(huán)境。
a.修改環(huán)境變量。
vim/etc/profile
在“/etc/profile”文件末尾增加下面代碼：
export PATH=/usr/local/vcftools/bin:$PATH
b.按“Ecs”，輸入“wq!”保存后退出。
c.運(yùn)行下面命令，使修改的環(huán)境變量生效。
source/etc/profile
4.運(yùn)行和驗(yàn)證
1）查看版本。
查看VCFtools版本信息。
vcftools--version
當(dāng)系統(tǒng)回顯類似如下信息是，表示VCFtools安裝成功。
VCFtools(0.1.16)
2）測(cè)試數(shù)據(jù)。
test目錄下有很多例子，通過輸入如下命令，進(jìn)行測(cè)試。
cd/usr/local/src/vcftools-0.1.16/examples vcftools--vcf shuffle-test.vcf--missing-site--out ms
當(dāng)系統(tǒng)回顯類似如下信息是，表示VCFtools能夠正常使用。
VCFtools(0.1.16) (C)Adam Autom and Anthony Marchetta 2009 Parameters as interpreted: --vcf shuffle-test.vcf --out ms --missing-site After filtering,kept 2 out of 2 Individuals Outputting Site Missingness After filtering,kept 6 out of a possible 6 Sites Run Time=0.00 seconds
