簡(jiǎn)介
SeqTK是一種快速輕巧的工具，用于處理FASTA或FASTQ格式的序列。它可以無(wú)縫解析FASTQ和FASTA文件，也可以選擇使用gzip對(duì)其進(jìn)行壓縮。
配置流程
1.配置編譯環(huán)境
安裝相關(guān)依賴。
yum install-y zlib-devel
2.獲取源碼
獲取“Seqtk-1.3”源碼包。
cd/usr/local/ wget https://github.com/lh3/seqtk/archive/v1.3.tar.gz
3.編譯和安裝
1）解壓并進(jìn)入源碼包。
tar-zxvf v1.3.tar.gz&&cd seqtk-1.3
2）編譯SeqTk。
make-j4
3）創(chuàng)建軟鏈接。
ln-s/usr/local/seqtk-1.3/seqtk/usr/bin/seqtk
4.運(yùn)行和驗(yàn)證
查看SeqTK使用方法。
seqtk
回顯如下信息表示SeqTK安裝成功。
Usage:seqtk<command>><arguments> Version:1.3-r106 Command:seq commom transformation of FASTA/Q comp get the nucleotide composition of FASTA/Q sample subsample sequence ... ...
