簡(jiǎn)介
MISO（同工型混合物）是一種概率框架，可從RNA-Seq數(shù)據(jù)中定量分析可變剪接基因的表達(dá)水平，并鑒定樣品中差異調(diào)控的同工型或外顯子。通過(guò)從RNA-Seq中的同工型產(chǎn)生讀數(shù)的生成過(guò)程進(jìn)行建模，MISO模型使用貝葉斯推斷來(lái)計(jì)算讀數(shù)源自同工型的可能性。
配置流程
1.配置編譯環(huán)境
安裝相關(guān)依賴。
yum install gcc gcc-c++gcc-gfortran python36 python36-devel python36-numpy python36-numpy-f2py libjpeg-turbo-devel freetype-devel bzip2 bzip2-devel libpng libpng-devel openblas openblas-devel xz xz-devel-y
2.編譯和安裝
安裝misopy。
pip3 install misopy
3.運(yùn)行和驗(yàn)證
1）查看python模塊安裝列表。
pip3 list cycler(0.10.0) kiwisolver(1.2.0) matplotlib(3.2.1) misopy(0.5.4)
2）Python中引入misopy模塊使用。
python3 import misopy as mis print(mis.__version__)
打印出如下信息，說(shuō)明misopy可以正常使用。
0.5.4
