簡(jiǎn)介
edgeR是R語(yǔ)言軟件包，主要用于DNA測(cè)序技術(shù)產(chǎn)生的計(jì)數(shù)數(shù)據(jù)差異分析。特別是設(shè)計(jì)用于RNA-Seq或SAGE數(shù)據(jù)的差異表達(dá)分析。
配置流程
1.配置編譯環(huán)境
1）安裝相關(guān)依賴。
apt-get install-y liblapack-dev libxml2-dev libxml++2.6-dev libpng++-dev libjpeg62-dev libssl-dev gfortran libreadline-dev libxt-dev libbz2-dev liblzma-dev libghc-curl-dev libghc-zlib-dev libpcre++-dev
2）安裝R語(yǔ)言。
a.獲取“R-3.6.1”源碼包。
cd/usr/local/src wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.6.1.tar.gz
b.解壓并進(jìn)入R源碼包。
tar-zxvf R-3.6.1.tar.gz&&cd R-3.6.1
c.編譯安裝R。
./configure--prefix=/usr/local/R-3.6.1--enable-R-shlib make-j4&&make install
d.配置R環(huán)境變量。
vim/etc/profile
e.添加如下內(nèi)容：
export PATH=/usr/local/R-3.6.1/bin:$PATH
f.保存退出，執(zhí)行如下命令使環(huán)境變量生效。
source/etc/profile
2.編譯和安裝
1）進(jìn)入R語(yǔ)言交互界面。
R
2）執(zhí)行R指令安裝edgeR。
if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))
install.packages("BiocManager")在彈出的服務(wù)器地址中選擇對(duì)應(yīng)的地址號(hào)，然后回車輸入。
...
14:China(Hong Kong)[https]
15:China(Guangzhou)[https]
16:China(Lanzhou)[https]
17:China(Shanghai)[https]
...
BiocManager:install("edgeR")中途會(huì)彈出一個(gè)信息輸入提示，輸入“a”回車即可。
Making'packages.html'...done Old packages:'boot','class','KernSmooth','lattice','MASS','Matrix', 'mgcv','nlme','nnet','spatial' Update all/some/none?[a/s/n]:
3.運(yùn)行和驗(yàn)證
1）查看R語(yǔ)言庫(kù)。
library()
回顯的R包列表信息按“↓”鍵向下翻，會(huì)出現(xiàn)如下信息。
edgeR Empirical Analysis of Digital Gene EXpression Data in R
2）引入edgeR包。
library("edgeR")未出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)信息則代表引入成功。
