簡(jiǎn)介
SnpEff是一款常用的突變位點(diǎn)注釋工具。這款軟件基于Java語(yǔ)言開(kāi)發(fā)，安裝過(guò)程相對(duì)簡(jiǎn)單，下載后解壓縮即可使用。
配置流程
1.配置編譯環(huán)境
1）安裝JDK1.8。
yum install-y java-1.8.0-openjdk
2.獲取源碼
獲取“SnpEff”源碼包。
mkdir-p/usr/local/src/snpeff&&cd/usr/local/src/snpeff wget https://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip
3.編譯和安裝
1）解壓下載文件。
unzip snpEff_latest_core.zip
4.運(yùn)行和驗(yàn)證
1）下載數(shù)據(jù)。
cd snpEff java-jar snpEff.jar download GRCh38.86
執(zhí)行完畢后會(huì)在當(dāng)前目錄下生成一個(gè)“data/GRCh38.86”目錄。
2）進(jìn)行注釋。
java-Xmx4G-jar snpEff.jar GRCh38.86 examples/test.chr22.vcf>test.chr22.ann.vcf
執(zhí)行完畢后會(huì)在當(dāng)前目錄生成“test.chr22.ann.vcf”文件。
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