簡介
RSEM是用于從RNA-Seq數(shù)據(jù)分析的軟件包。RSEM軟件包提供了用戶友好的界面，支持用于EM算法，單端和雙端讀取數(shù)據(jù)，質(zhì)量得分，可變長度讀取和RSPD估計的并行計算的線程。
配置流程
1.配置編譯環(huán)境
1）安裝Perl，版本要求不低于5.8.8。
請參見https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpengcpl/perl_01_0001.html安裝。
2）安裝R，版本要求不低于3.3.1。
yum install R-y
2.獲取源碼
獲取“RSEM v1.3.1”源碼包。
cd/usr/local/src wget https://github.com/deweylab/RSEM/archive/v1.3.1.tar.gz
3.編譯和安裝
1）解壓并進入源碼包。
tar-zxvf v1.3.1.tar.gz cd RSEM-1.3.1
2）編譯安裝RESM。
make-j4&&make install prefix=/usr/local/rsem
3）設置環(huán)境變量。
將“export PATH=/usr/local/rsem/bin:$PATH”寫入“/etc/profile”文件最后一行。
vim/etc/profile export PATH=/usr/local/rsem/bin:$PATH source/etc/profile
4.運行和驗證
測試RSEM是否安裝完成。
rsem-calculate-expression--version
返回內(nèi)容如下所示，表示安裝已經(jīng)完成。
[root ecs~]#rsem-calculate-expression--version Current version:RSEM v1.3.1
