簡介
一種通用的read對比軟件，它可以對比基因組DNA-seq和RNA-seq的reads，也可以用于發(fā)現(xiàn)基因組突變，包括短插入缺失和結(jié)構(gòu)變異。
配置流程
1.配置編譯環(huán)境
1）安裝相關(guān)依賴。
yum install-y zlib-devel
2.獲取源碼
獲取“subread-2.0.1”源碼包。
cd/usr/local/ wget https://sourceforge.net/projects/subread/files/subread-2.0.1/subread-2.0.1-source.tar.gz/download-O subread-2.0.1.tar.gz
3.編譯和安裝
1）解壓并進(jìn)入源碼包。
tar-zxvf subread-2.0.1.tar.gz&&cd subread-2.0.1-source
2）修改Makefile文件。
分別修改“src/Makefile.Linux”和“src/longread-one/Makefile”文件，將“CCFLAGS”設(shè)置的“-mtune=core2”刪除。
vim src/Makefile.Linux vim src/longread-one/Makefile
修改前：
CCFLAGS=-mtune=core2${MACOS}-O${OPT_LEVEL}-Wall-DMAKE_FOR_EXON-D MAKE_STANDALONE-D SUBREAD_VERSION="${SUBREAD_VERSION}"-D_FILE_OFFSET_BITS=64修改后：
CCFLAGS=${MACOS}-O${OPT_LEVEL}-Wall-DMAKE_FOR_EXON-D MAKE_STANDALONE-D SUBREAD_VERSION="${SUBREAD_VERSION}"-D_FILE_OFFSET_BITS=643）編譯Subread。
cd/usr/local/subread-2.0.1-source/src make-j4-f Makefile.Linux
4）設(shè)置環(huán)境變量。
將“export PATH=/usr/local/rsem/bin:$PATH”寫入“/etc/profile”文件最后一行。
vim/etc/profile export PATH=/usr/local/subread-2.0.1-source/bin:$PATH source/etc/profile
4.運行和驗證
1）查看Subread版本信息。
subread-align-v
回顯如下信息則表示Subread安裝成功。
Subread-align v2.0.1
猜你喜歡
