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華為云計(jì)算云知識(shí) Subread如何安裝

Subread如何安裝

時(shí)間: 2020-11-03 15:37:24

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一種通用的read對(duì)比軟件，它可以對(duì)比基因組DNA-seq和RNA-seq的reads，也可以用于發(fā)現(xiàn)基因組突變，包括短插入缺失和結(jié)構(gòu)變異。

1.配置編譯環(huán)境

1）安裝相關(guān)依賴。

yum install-y zlib-devel

2.獲取源碼

獲取“subread-2.0.1”源碼包。

cd/usr/local/
wget https://sourceforge.net/projects/subread/files/subread-2.0.1/subread-2.0.1-source.tar.gz/download-O subread-2.0.1.tar.gz

3.編譯和安裝

1）解壓并進(jìn)入源碼包。

tar-zxvf subread-2.0.1.tar.gz&&cd subread-2.0.1-source

2）修改Makefile文件。

分別修改“src/Makefile.Linux”和“src/longread-one/Makefile”文件，將“CCFLAGS”設(shè)置的“-mtune=core2”刪除。

vim src/Makefile.Linux
vim src/longread-one/Makefile

修改前：

CCFLAGS=-mtune=core2${MACOS}-O${OPT_LEVEL}-Wall-DMAKE_FOR_EXON-D MAKE_STANDALONE-D SUBREAD_VERSION="${SUBREAD_VERSION}"-D_FILE_OFFSET_BITS=64

修改后：

CCFLAGS=${MACOS}-O${OPT_LEVEL}-Wall-DMAKE_FOR_EXON-D MAKE_STANDALONE-D SUBREAD_VERSION="${SUBREAD_VERSION}"-D_FILE_OFFSET_BITS=64

3）編譯Subread。

cd/usr/local/subread-2.0.1-source/src
make-j4-f Makefile.Linux

4）設(shè)置環(huán)境變量。

將“export PATH=/usr/local/rsem/bin:$PATH”寫入“/etc/profile”文件最后一行。

vim/etc/profile
export PATH=/usr/local/subread-2.0.1-source/bin:$PATH
source/etc/profile

4.運(yùn)行和驗(yàn)證

1）查看Subread版本信息。

subread-align-v

回顯如下信息則表示Subread安裝成功。

Subread-align v2.0.1