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什么是SAMtools

2020-11-04 17:41:02

SAMtools是一組實(shí)用程序，用于與Heng Li編寫的SAM，BAM和C RAM 格式的短DNA序列讀取比對(duì)進(jìn)行交互并進(jìn)行后處理。這些文件是由短讀取對(duì)齊器（如BWA）作為輸出生成的。提供了簡(jiǎn)單和高級(jí)工具，支持復(fù)雜任務(wù)，例如變體調(diào)用和對(duì)齊查看以及分類、索引、數(shù)據(jù)提取和格式轉(zhuǎn)換。

如何配置StringTie

2020-11-04 17:16:12

StringTie是一種快速高效的RNA-Seq序列比對(duì)組裝器。它的輸入不僅包括其他轉(zhuǎn)錄本匯編程序也可以使用短讀序列的對(duì)比。為了在實(shí)驗(yàn)之間鑒定差異表達(dá)的基因，可以使用Ballgown，Cuffdiff或其他（DESeq，edgeR等）專用軟件來處理StringTie的輸出。

HTSeq是什么

2020-11-04 17:13:59

HTSeq是使用Python編寫的一支用于進(jìn)行基因Count表達(dá)量分析的軟件，能根據(jù)SAM/BAM比對(duì)結(jié)果文件和基因結(jié)構(gòu)注釋GTF文件得到基因水平的Counts表達(dá)量。HTSeq進(jìn)行Counts計(jì)算的原理簡(jiǎn)單易懂，容易上手。

gvcftools是什么

2020-11-04 16:53:03

gvcftools是用于創(chuàng)建和分析gVCF文件的小型實(shí)用程序包

什么是GATK?

2020-11-04 16:48:09

GATK全稱Genome Anlysis Toolkit，是一套用于分析基因組的工具箱。主要功能是尋找變異位點(diǎn)和基因分型，用于從sequencing數(shù)據(jù)中進(jìn)行variant calling，包括SNP、INDEL。

BreakDancer是什么

2020-11-04 16:34:11

BreakDancer是一個(gè)C++軟件包，可提供下一代配對(duì)末端測(cè)序讀取的全基因組結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)。它包括兩個(gè)補(bǔ)充程序，BreakDancerMax預(yù)測(cè)五種類型的結(jié)構(gòu)變異；BreakDancerMini專注于使用正態(tài)映射的讀取對(duì)檢測(cè)小插入缺失。

bedtools如何配置

2020-11-04 16:24:00

bedtools實(shí)用程序是用于處理基因組信息分析的強(qiáng)大工具集合。例如，bedtools允許人們以廣泛使用的基因組文件格式（ 例如BAM，BED，GFF/ GTF，VCF）與多個(gè)文件中的基因組間隔相交，合并，計(jì)數(shù)，互補(bǔ)和混洗。雖然每個(gè)工具都設(shè)計(jì)為執(zhí)行相對(duì)簡(jiǎn)單的任務(wù)（例如，將兩個(gè)間隔文件相交），但可以通過在UNIX命令行上組合多個(gè)bedtools操作來進(jìn)行相當(dāng)復(fù)雜的分析。

BCFtools是什么

2020-11-04 15:59:12

BCFtools是一組實(shí)用程序，以Variant Call Format（VCF）及其二進(jìn)制副本BCF處理變量調(diào)用。所有命令都可以與未壓縮和BGZF壓縮的VCF和BCF透明地一起使用。

文字識(shí)別服務(wù)使用視頻教程

2020-11-04 15:39:36

本視頻主要為您介紹華為云 文字識(shí)別 服務(wù)如何開通服務(wù)、獲取訪問密鑰以及使用SDK的操作視頻教程：場(chǎng)景描述：華為云文字識(shí)別服務(wù)以Restful API的方式提供給用戶使用。用戶需要申請(qǐng)開通后，才能使用文字識(shí)別服務(wù)。

NAT網(wǎng)關(guān)使用SNAT訪問公網(wǎng)操作視頻教程

2020-11-04 15:32:56

本視頻主要為你介紹華為云NTA網(wǎng)關(guān)服務(wù)使用SNAT訪問公網(wǎng)的操作視頻教程： 場(chǎng)景描述： NTA網(wǎng)關(guān)能夠?yàn)?a href=" http://m.cqfng.cn/product/vpc.html " target="_blank" style="text-decoration:underline;"> 虛擬私有云 內(nèi)的云主機(jī)提供 網(wǎng)絡(luò)地址轉(zhuǎn)換 服務(wù)，使多個(gè)主機(jī)可以共享 彈性公網(wǎng)IP 訪問Internet。 當(dāng)VPC內(nèi)的云主機(jī)需要訪問公網(wǎng)，為了節(jié)省彈性 公網(wǎng)IP 資源，并且為避免云主機(jī)IP直接暴露在公網(wǎng)上，您可以使用NTA網(wǎng)關(guān)的SNAT功能。 云NTA網(wǎng)關(guān)服務(wù)使用SNAT訪問公網(wǎng)操作步驟

IoT云服務(wù)設(shè)備在線調(diào)試指導(dǎo)視頻教程

2020-11-04 15:22:40

本視頻主要為您介紹IoT云服務(wù)中設(shè)備在線調(diào)試指導(dǎo)的操作視頻教程：通過實(shí)操教程，讓您快速了解并上手IOT云服務(wù)設(shè)備的在線調(diào)試操作。

miRanda是什么

2020-11-03 16:31:07

miRanda是一種用于尋找microRNA基因組標(biāo)靶的算法。該算法有C語(yǔ)言編寫，可視作GPL下的開源方法使用。

什么是goseq

2020-11-03 16:28:26

goseq是R語(yǔ)言軟件包，用于尋找GO terms，即基因富集分析。

GMAP是什么

2020-11-03 16:13:46

mRNA和EST序列的基因組定位和比對(duì)程序

edgeR是什么

2020-11-03 16:03:07

edgeR是R語(yǔ)言軟件包，主要用于DNA測(cè)序技術(shù)產(chǎn)生的計(jì)數(shù)數(shù)據(jù)差異分析。特別是設(shè)計(jì)用于RNA-Seq或SAGE數(shù)據(jù)的差異表達(dá)分析。

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