簡(jiǎn)介
HTSeq是使用Python編寫(xiě)的一支用于進(jìn)行基因Count表達(dá)量分析的軟件，能根據(jù)SAM/BAM比對(duì)結(jié)果文件和基因結(jié)構(gòu)注釋GTF文件得到基因水平的Counts表達(dá)量。HTSeq進(jìn)行Counts計(jì)算的原理簡(jiǎn)單易懂，容易上手。
配置流程
1.配置編譯環(huán)境
安裝相關(guān)依賴。
yum install python36 python36-devel openblas python36-numpy python36-Cython bzip2-devel xz-devel zlib-devel-y
2.編譯和安裝
安裝HTSeq。
pip3 install HTSeq
3.運(yùn)行和驗(yàn)證
1）查看Python模塊安裝列表。
pip3 list
...
HTSeq(0.12.4)
...
2）Python中引入HTSeq模塊。
python3
import HTSeq as ht
print(ht.__version__)
出現(xiàn)類(lèi)似如下回顯表示HTSeq可以成功使用。
0.12.4
