簡介
BCFtools是一組實用程序，以Variant Call Format（VCF）及其二進(jìn)制副本BCF處理變量調(diào)用。所有命令都可以與未壓縮和BGZF壓縮的VCF和BCF透明地一起使用。
配置流程
1.配置編譯環(huán)境
安裝相關(guān)依賴。
yum install zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel-y
2.獲取源碼
獲取“bcftools-1.9”源碼包。
cd/usr/local/src
wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.9/bcftools-1.9.tar.bz2
3.編譯和安裝
1）解壓并進(jìn)入源碼目錄。
tar-jxvf bcftools-1.9.tar.bz2
cd bcftools-1.9
2）配置生成Makefile。
./configure--prefix=/usr/local/bcftools
3）編譯安裝。
make-j4
make install
4）配置環(huán)境。
a.修改環(huán)境變量。
vim/etc/profile
在“/etc/profile”文件末尾增加下面代碼：
export PATH=/usr/local/bcftools/bin:$PATH
b.按“Esc”，輸入“wq!”保存后退出。
c.運行下面命令，使修改的環(huán)境變量生效。
source/etc/profile
4.運行和驗證
1）測試數(shù)據(jù)。
“test”目錄下有很多例子，通過輸入如下命令，進(jìn)行測試。
cd/usr/local/src/bcftools-1.9
make test
當(dāng)系統(tǒng)回顯類似如下信息時，表示BCFtools測試成功。
Number of test:
total..823
passed..823
failed..0
2）查看版本。
查看BCFtools版本信息。
bcftools--version
當(dāng)系統(tǒng)回顯類似如下信息時，表示BCFtools安裝成功。
bcftools 1.9
Using htslib 1.9
Copyright(c)2018 Genome Research Ltd.
License Expat:The MIT/Expat license
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