簡(jiǎn)介
StringTie是一種快速高效的RNA-Seq序列比對(duì)組裝器。它的輸入不僅包括其他轉(zhuǎn)錄本匯編程序也可以使用短讀序列的對(duì)比。為了在實(shí)驗(yàn)之間鑒定差異表達(dá)的基因，可以使用Ballgown，Cuffdiff或其他（DESeq，edgeR等）專(zhuān)用軟件來(lái)處理StringTie的輸出。
配置流程
1.配置編譯環(huán)境
安裝相關(guān)依賴
yum install-y zlib zlib-devel
2.獲取源碼
獲取“stringtie-1.3.6”源碼包。
cd/usr/local/
wget https://github.com/gpertea/stringtie/archive/v1.3.6.tar.gz
3.編譯和安裝
1）解壓并進(jìn)入源碼包。
cd/usr/local/
tar-zxvf v1.3.6.tar.gz&&cd stringtie-1.3.6
2）編譯stringtie。
make-j4 release
4.運(yùn)行和驗(yàn)證
查看stringtie版本信息。
./stringtie--version
當(dāng)系統(tǒng)回顯類(lèi)似如下信息時(shí)，表示stringtie安裝成功。
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