簡介
GATK全稱Genome Anlysis Toolkit，是一套用于分析基因組的工具箱。主要功能是尋找變異位點和基因分型，用于從sequencing數(shù)據(jù)中進行variant calling，包括SNP、INDEL。
配置流程
1.配置編譯環(huán)境
安裝相關依賴。
yum install-y git git-lfs java-1.8.0-openjdk
2.獲取源碼
獲取GATK最新版本源碼。
cd/usr/local/src
git clone https://github.com/broadinstitute/gatk.git
3.編譯和安裝
1）進入GATK目錄。
cd gatk
2）編譯GATK。
./gradlew shadowJar
編譯完成后會在“build/libs”目錄里面生成“gatk.jar”文件。
4.運行和驗證
測試GATK是否安裝完成。
java-jar build/lib/gatk.jar--version
返回內(nèi)容如下所示，表示安裝已經(jīng)完成。
[root ecs gatk]#java-jar build/lib/gatk.jar--version
The Genome Analysis Toolkit(GATK)v4.1.7.0-27-g3ad0eca-SNAPSHOT
HTSJDK Version:2.22.0
Picard Version:2.22.8
