簡介
SAMtools是一組實(shí)用程序，用于與Heng Li編寫的SAM，BAM和C RAM 格式的短DNA序列讀取比對進(jìn)行交互并進(jìn)行后處理。這些文件是由短讀取對齊器（如BWA）作為輸出生成的。提供了簡單和高級工具，支持復(fù)雜任務(wù)，例如變體調(diào)用和對齊查看以及分類、索引、數(shù)據(jù)提取和格式轉(zhuǎn)換。
配置流程
1.配置編譯環(huán)境
安裝相關(guān)依賴
yum install-y bzip2 bzip2-devel ncurses ncurses-devel xz xz-devel libcurl libcurl-devel zlib zlib-devel
2.獲取源碼
獲取“samtools-1.10”源碼包。
cd/usr/local/src
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.10/samtools-1.10.tar.bz2
3.編譯和安裝
1）解壓并進(jìn)入源碼包。
cd/usr/local/src/
tar-jxvf samtools-1.10.tar.bz2&&cd samtools-1.10
2）配置生成Makefile。
./configure
3）編譯samtools。
make-j4&&make install
4.運(yùn)行和驗(yàn)證
查看samtools版本信息。
samtools--version
當(dāng)系統(tǒng)回顯類似如下信息時，表示samtools安裝成功。
