簡(jiǎn)介
BreakDancer是一個(gè)C++軟件包，可提供下一代配對(duì)末端測(cè)序讀取的全基因組結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)。它包括兩個(gè)補(bǔ)充程序，BreakDancerMax預(yù)測(cè)五種類(lèi)型的結(jié)構(gòu)變異；BreakDancerMini專(zhuān)注于使用正態(tài)映射的讀取對(duì)檢測(cè)小插入缺失。
配置流程
1.配置編譯環(huán)境
1）安裝相關(guān)依賴(lài)。
yum install wget git cmake make zlib-devel ncurses ncurses-devel bzip2 gcc-y
2）安裝gcc8.3。
請(qǐng)參見(jiàn)https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpengcpl/gcc_01_0001.html安裝。
2.獲取源碼
獲取“breakdancer”源碼包。
cd/usr/local/src
git clone--recursive https://github.com/genome/breakdancer.git
3.編譯和安裝
1）創(chuàng)建build目錄。
cd breakdancer
mkdir build&&cd build
2）創(chuàng)建Makefile文件。
cmake..-DCMAKE_BUILD_TYPE=release-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/breakdancer
3）編譯安裝。
make-j4&&make install
4.運(yùn)行和驗(yàn)證
查看可執(zhí)行程序幫助信息。
/usr/local/breakdancer/bin/breakdancer-max--help
當(dāng)系統(tǒng)回顯類(lèi)似如下信息時(shí)，表示BreakDancer安裝成功執(zhí)行成功。
breakdancer-max version 1.4.5-unstable-66-4e44b43-dirty(comit 4e44b43-dirty)
usage:breakdancer-max<analysis.config>
Options:
-o STRING operate on a single chromesome[all chromosome]
-s INT minimum length of a region[7]
......
