簡(jiǎn)介
mRNA和EST序列的基因組定位和比對(duì)程序。
配置流程
1.獲取源碼
獲取“gmap-2015-09-21”源碼包。
cd/usr/local/src wget http://research-pub.gene.com/gmap/src/gmap-gsnap-2015-09-21.tar.gz
2.編譯和安裝
1）解壓并進(jìn)入源碼包。
cd/usr/local/src/ tar-zxvf gmap-gsnap-2015-09-21.tar.gz&&gmap-2015-09-21/
2）配置生成Makefile。
./configure--prefix=/usr/local/GMAP--build=arm-linux
3）編譯和安裝。
make-j4&&make install
4）配置GMAP環(huán)境。
a.在文件“etc/profill”末尾添加如下內(nèi)容。
export PATH=$PATH:/usr/local/GMAP/bin
b.按“Esc”，并且輸入“wq!”保存退出。
c.輸入如下命令，使環(huán)境變量生效。
3.運(yùn)行和驗(yàn)證
查看GMAP版本信息。
gmap--version
回顯類似如下信息，代表GMAP安裝成功。
GMAP version 2015-09-21 called with args:gmap--version GMAP Genomic Mapping and Aligment Program Part of GMAP package,version 2015-09-21 Build target:arm-unknown-linux-gnu Features:pthreads enabled,alloca available,zlib available,mmap available,littleendian,sigaction available,64 bits available Popcnt:builtin_popcount Builtin functions:bultin_clz builtin_ctz builtin_popcount ...
