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云知識 SnpEff如何配置 SnpEff如何配置 時間:2020-11-03 14:31:58 簡介 SnpEff是一款常用的突變位點(diǎn)注釋工具。這款軟件基于Java語言開發(fā),安裝過程相對簡單,下載后解壓縮即可使用。 配置流程 1.配置編譯環(huán)境 1)安裝JDK1.8。 yum install-y來自:百科再次保存。 編譯和測試方式 1.選擇操作環(huán)境 本文選用華為鯤鵬云服務(wù)E CS KC1實(shí)例做測試 2.配置編譯工具 1)編譯TinyXML需要g++編譯器因此需要安裝g++。 yum install gcc-c++ -y 2)獲取源代碼。 3)執(zhí)行以下命令,獲取TinyXML軟件包。來自:百科
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對簡單的任務(wù)(例如,將兩個間隔文件相交),但可以通過在UNIX命令行上組合多個bedtools操作來進(jìn)行相當(dāng)復(fù)雜的分析。 配置流程 1. 配置編譯環(huán)境 安裝相關(guān)依賴。 yum install zlib-devel bzip2-devel xz-devel -y 2. 獲取源碼 獲取“bedtools-2來自:百科基因,可以使用Ballgown,Cuffdiff或其他(DESeq,edgeR等)專用軟件來處理StringTie的輸出。 配置流程 1.配置編譯環(huán)境 安裝相關(guān)依賴 yum install-y zlib zlib-devel 2.獲取源碼 獲取“stringtie-1.3.6”源碼包。來自:百科
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