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- gcs基因容器 內(nèi)容精選 換一換
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待環(huán)境創(chuàng)建完成，可以單擊環(huán)境名稱查看環(huán)境信息。 執(zhí)行測序流程 基因容器提供了gcs-grammar示例流程，通過該流程您可以了解到G CS 的編排語法及能力。 該流程的執(zhí)行順序以及包含工具，可以通過單擊”基因測序 > 示例流程 > gcs-grammar”查看流程詳細(xì)信息。 執(zhí)行測序流程請按如下步驟操作。來自：幫助中心
- gcs基因容器 相關(guān)內(nèi)容
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2019年12月 序號 功能名稱 功能描述 階段 相關(guān)文檔 1 GCS SDK/CLI支持WDL流程 基因容器服務(wù)軟件開發(fā)工具包（GCS SDK）對GCS服務(wù)提供的REST API接口進(jìn)行封裝，GCS SDK支持WDL。 使用GCS命令行工具可以提交單個(gè)WDL流程到Cromwell引擎，來自：幫助中心
- gcs基因容器 更多內(nèi)容
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本文介紹了【unable to import 'smart_open.gcs', disabling that module】相關(guān)內(nèi)容，與您搜索的gcs基因容器相關(guān)，助力開發(fā)者獲取技術(shù)信息和云計(jì)算技術(shù)生態(tài)圈動(dòng)態(tài)...請點(diǎn)擊查閱更多詳情。來自：其他![]()
公共數(shù)據(jù)中存放的是GCS提供的參考組數(shù)據(jù)，供您查看和使用。 私有數(shù)據(jù)中存放的是分析前后產(chǎn)生的數(shù)據(jù)。在“私有數(shù)據(jù)”頁面您可以上傳原始基因數(shù)據(jù)、查看流程執(zhí)行的中間數(shù)據(jù)及執(zhí)行結(jié)果數(shù)據(jù)。 數(shù)據(jù)上傳 開始基因測試前，請先將用于分析的原始數(shù)據(jù)上傳到已創(chuàng)建好的 OBS 桶里。 登錄GCS控制臺，選擇左側(cè)導(dǎo)航欄的“ 數(shù)據(jù)管理 >私有數(shù)據(jù)”。來自：幫助中心![]()
上傳文件到環(huán)境關(guān)聯(lián)的obs桶中。gcs obs upload FILENAME [params]upload可以簡寫為up，即：gcs obs up FILENAME [params]上傳后未發(fā)現(xiàn)文件，請?jiān)跀?shù)據(jù)存儲(chǔ)中，確認(rèn)是否使用了正確的桶。不支持本地文件夾上傳上傳文件到OBS桶：示例執(zhí)行結(jié)果：OBS 中顯示上傳文件：來自：幫助中心![]()
使用示例 設(shè)置默認(rèn)環(huán)境為“gcs-env-gcsdebug” gcs set env gcs-env-gcsdebug 示例執(zhí)行結(jié)果： current environment is gcs-env-gcsdebug please set sfs-pvc-name for environment來自：幫助中心![]()
初始化命令行工具，在使用其它命令前，必需先執(zhí)行本命令初始化命令行工具。該命令執(zhí)行后，將生成命令行工具配置文件，路徑為 ~/.gcs/config.ini ，用于存儲(chǔ)配置信息。配置文件的詳細(xì)說明請參見config.ini配置說明。若要修改配置文件，同樣可以使用本命令，增加特定字段，指定任務(wù)執(zhí)行時(shí)使用的存儲(chǔ)、計(jì)算資源。執(zhí)行本命令時(shí)，若~/.g來自：幫助中心![]()
查看任務(wù)信息。gcs del execution EXECUTIONID1 [EXECUTIONID2，EXECUTIONID3...]execution可以簡寫為exec，即：gcs del exec EXECUTIONID1 [EXECUTIONID2，EXECUTIONID3...]由于刪除動(dòng)作是異步的，所以刪除完成后，gcs來自：幫助中心![]()
設(shè)置指定execution狀態(tài)啟停。gcs set executionexecutionId [params]execution可以簡寫為exec，即：gcs set execexecutionId [params]來自：幫助中心![]()
獲取當(dāng)前用戶下所有計(jì)算環(huán)境信息列表。gcs get environment [environmentID]environment可以簡寫為env，即gcs get env [environmentID]集群資源不足，可以去云容器引擎（https://console.huaweicloud.com/cce2.0/）中，為集群添加更多、更來自：幫助中心![]()
查詢提交的wdl流程執(zhí)行結(jié)果。gcs get wdl ID [flags]查詢單個(gè)執(zhí)行結(jié)果詳細(xì)信息。gcs get wdl aa215e0b-c896-4138-865e-6cf7921246b6返回內(nèi)容如下。{ "execution": { "project_id": "", "domain_i來自：幫助中心![]()
獲取所有tool、指定tool或者名稱符合條件的tool的信息。gcs get tool TOOLID [params]獲取所有模板信息。gcs get tool { "tools": [ { "tool": [ { "guid": "04e20b56-962d-24d8-0eb來自：幫助中心![]()
提交單個(gè) shell 腳本，作為 job 在后臺執(zhí)行。gcs sub jobFILENAME [params]job可以簡寫為jb，即：gcs sub jbFILENAME [params]提交 bwa-help.sh，查看 bwa 軟件版本，將結(jié)果重定向到 /obs/log.err 文件中。示例執(zhí)行后，在OBS 桶中，log.err來自：幫助中心![]()
首先以執(zhí)行單一命令為例。以 gcs sub job 為例，我們使用： gcs sub job --cpu 0.5 --memory 1g --tool bwa:0.7.12 --shell sh bwa_help.sh 生成GCS流程示例 該命令將會(huì)生成以下模板，并提交基因容器語法解析器： 1來自：幫助中心![]()
提交單個(gè)WDL流程到Cromwell引擎。gcs sub wdl FILENAME? [flags]提交wdl流程?；仫@內(nèi)容如下。來自：幫助中心![]()
gcs config list顯示初始化命令行工具結(jié)果，命令執(zhí)行結(jié)果中的參數(shù)說明請參見config.ini配置說明。gcs config list無查看配置文件內(nèi)容：示例執(zhí)行結(jié)果：來自：幫助中心![]()
設(shè)置環(huán)境默認(rèn)使用的sfs pvc。gcs set sfssfsPvcName來自：幫助中心![]()
下載并配置GCS命令行工具，方法請參見安裝命令行工具。 使用命令行工具查詢環(huán)境。 執(zhí)行./gcs get environment 查看當(dāng)前賬號下可用的環(huán)境列表： 設(shè)置環(huán)境。 執(zhí)行./gcs set env設(shè)置后續(xù)測序使用的環(huán)境： ./gcs set env gcs-env-cc來自：幫助中心
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