簡介
VarScan2是獨立于平臺的突變調(diào)用程序，用于在lllumina、SILiD、Life/PGM、Roche/454和類似儀器上生成的靶向，外顯子組和全基因組數(shù)據(jù)重測序。最新版VarScan2使用Java編寫，因此它可以在絕大多數(shù)平臺運行。
配置流程
1.配置編譯環(huán)境
1）安裝相關(guān)依賴。
yum install-y git java-1.8.0-openjdk
2.獲取源碼
獲取“VarScan2 v2.4.1”源碼包。
cd/usr/local/src git clone https://github.com/dkoboldt/varscan.git
3.運行和驗證
查看jar包執(zhí)行參數(shù)。
cd varscan java-jar VarScan.v2.4.1.jar
出現(xiàn)類似如下回顯表示VarScan2可正常使用。
VarScan v2.4 ***NON-COMMERCLAL VERSION*** USAGE:java-jar VarScan.jar[COMMAND][OPTIONS] COMMANDS: pileup2snp Identify SNPs FROM a pileup file pileup2indel Identify indels a pileup file pileup2cns Call consensus and variants from a pileup file ...
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