簡介
Wtdbg2是一個(gè)三代測序數(shù)據(jù)（同時(shí)適用于pacbio和nanopore）denovo組裝軟件，它是一款基于C語言開發(fā)的開源軟件。相較于其他三代數(shù)據(jù)組裝軟件(Canu，smartdenovo，miniasm，F(xiàn)ALCON，F(xiàn)ALCON-unzip)，優(yōu)點(diǎn)如下：
安裝簡單（反例FALCON，安裝過程非常復(fù)雜）
使用簡單，可用“run_wtdbg_assembly.sh”腳本生成運(yùn)行腳本
內(nèi)存及存儲占用少
配置流程
1.配置編譯環(huán)境
安裝wget工具。
yum install wget-y
2.獲取源碼
獲取“wtdbg2”源碼包。
cd/usr/local/src git clone https://github.com/ruanjue/wtdbg2
3.編譯和安裝
1)下載“sse2neon.h”文件。
下載由于在X86上指令優(yōu)化用的是SSE，在鯤鵬下使用是neon，因此下載“sse2neon.h”，使用此頭文件替換sse。
cd/usr/local/src/ wget https://github.com/jratcliff63367/sse2neon/archive/master.zip unzip master.zip mv./sse2neon-master/SSE2NEON.h./sse2neon-master/sse2neon.h cp./sse2neon-master/sse2neon.h./wtdbg2/
2)修改Wtdbg2編譯參數(shù)。
“Makefile”中通過編譯選項(xiàng)配置支持SSE3，但是ARM版本的gcc無法識別X86平臺的編譯選項(xiàng)，因此需要?jiǎng)h除“Makefile”中的“-mpopcnt-mssse3”這部分編譯選項(xiàng)，并同時(shí)在“CFLAGS”增加“-march=armv8-a”，“GENERIC_SRC”中增加“sse2neon.h”。
cd/usr/local/src/wtdbg2/ vi Makefile
修改如圖1所示，修改完成后，保存退出。
修改“Makefile”文件
3)修改“ksw.c”程序中引用的頭文件。
vi/usr/local/src/wtdbg2/ksw.c
如圖2所示，注釋掉“#include<emmintrin.h>”，增加“#include"sse2neon.h"”，修改完成后，保存退出。
注釋“ksw.c”的無用代碼
4)修改“poacns.h”程序中引用的頭文件，并刪除無用代碼。
vi poacns.h
將“#include<emmintrin.h>”和“#include<tmmintrin.h>”注釋掉，并且增加“#include"sse2neon.h"”，如下所示。
//#include<emmintrin.h>; #include"sse2neon.h" //#include<tmmintrin.h>;
將如下所示的代碼注釋掉，如圖3所示，并保存退出。
注釋“poacns.h”的無用代碼
5)編譯wtdbg2。
cd/usr/local/src/wtdbg2 make&&make install ----結(jié)束
4.運(yùn)行和驗(yàn)證
查看wtdbg2的版本信息。
wtdbg2--version
回顯內(nèi)容如下，表示安裝成功。
[root ecs-scale-x wtdbg2]#wtdbg2--version wtdbg2 2.5
