簡(jiǎn)介
STAR-Fusion是一款基于STAR比對(duì)結(jié)果進(jìn)行融合基因鑒定的軟件。
配置流程
1.配置編譯環(huán)境
1）安裝相關(guān)依賴。
yum install perl-ExtUtils-MakeMaker perl-Data-Dumper perl-DB_File perl-JSON-XS-y
2）安裝STAR-2.7.0f。
請(qǐng)參見https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpenghpcs/kunpenghpcs_prtg_0022.html安裝。
3）安裝SAMtools。
請(qǐng)參見https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpenghpc/samtools_01_0001.html安裝。
2.獲取源碼
獲取“STAR-Fusion-v1.6.0”源碼包。
cd/usr/local/src wget https://github.com/STAR-Fusion/STAR-Fusion/releases/download/v1.6.0/STAR-Fusion-v1.6.0.FULL.tar.gz
3.編譯和安裝
1）解壓并進(jìn)入源碼包。
tar-zxvf STAR-Fusion-v1.6.0.FULL.tar.gz&&cd STAR-Fusion-v1.6.0
2）編譯STAR-Fusion。
make-j12
4.運(yùn)行和驗(yàn)證
1）下載測(cè)試所需的文件。
cd/opt wget https://data.broadinstitute.org/Trinity/CTAT_RESOURCE_LIB/_genome_libs_StarFv1.6/GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play.tar.gz tar-zxvf GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play.tar.gz
2）執(zhí)行測(cè)試程序
cd/usr/local/src/STAR-Fusion-v1.6.0/testing gzip-d reads_1.fq.gz gzip-d reads_2.fq.gz ../STAR-Fusion--left_fq reads_1.fq--right_fq reads_2.fq--genome_lib_dir/opt/GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play/ctat_genome_lib_build_dir--CPU 12
執(zhí)行完畢后會(huì)出現(xiàn)如下回顯，并且在當(dāng)前目錄下生成一個(gè)“STAR-Fusion_outdir”目錄，輸出文件全部在該目錄中。
*STAR-Fusion complete.See output:star-fusion.fusion_candidates.tsv(or.abridged.tsv version)
