簡(jiǎn)介
HTSlib是一個(gè)C庫(kù)，用于讀取和寫(xiě)入高通量測(cè)序數(shù)據(jù)。HTSlib是SAMtools使用的核心庫(kù)。HTSlib還提供了bgzip，htsfile和tabix實(shí)用程序。
配置流程
1.配置編譯環(huán)境
安裝相關(guān)依賴。
yum install zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel-y
2.獲取源碼
獲取“htslib-1.10.2”源碼包。
cd/usr/local/src wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.10.2/htslib-1.10.2.tar.bz2
3.編譯和安裝
1）解壓并進(jìn)入源碼目錄。
tar-jxvf htslib-1.10.2.tar.bz2 cd htslib-1.10.2
2）配置生成Makefile。
./configure
3）編譯安裝。
make-j4 make install
4.運(yùn)行和驗(yàn)證
查看HTSlib引用程序版本信息。
bgzip--version htsfile--version tabix--version
當(dāng)系統(tǒng)回顯類似如下信息是，表示HTSlib安裝成功。
[root ecs~]#bgzip--version bgzip(htslib)1.10.2 Copyright(c)2019 Genome Research Ltd. [root ecs~]#htsfile--version htsfile(htslib)1.10.2 Copyright(c)2019 Genome Research Ltd. [root ecs~]#tabix--version tabix(htslib)1.10.2 Copyright(c)2019 Genome Research Ltd.
