簡介
Control-FREEC是使用居里研究所（巴黎）生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)室最初開發(fā)的深度測(cè)序數(shù)據(jù)檢測(cè)拷貝數(shù)變化和等位基因失衡（包括LOH）的工具。
配置流程
1.配置編譯環(huán)境
安裝相關(guān)依賴。
yum install zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel-y
2.獲取源碼
獲取“FREEC-11.5”源碼包。
cd/usr/local/src wget https://github.com/BoevaLab/FREEC/archive/v11.5.tar.gz-O FREEC-11.5.tar.gz
3.編譯和安裝
1）解壓并進(jìn)入源碼目錄。
tar-zxvf FREEC-11.5.tar.gz cd FREEC-11.5
2）將“Makefile.freec”中內(nèi)容“-m64”去掉。
cd src sed-i's/-m64//g'Makefile.freec
3）編譯安裝。
make-j4 cp/usr/local/src/FREEC-11.5/src/freec/usr/bin/
4.運(yùn)行和驗(yàn)證
查看版本。
freec
當(dāng)系統(tǒng)回顯類似如下信息是，表示Control-FREEC安裝成功。
[root ecs~]#freec Control-FREEC V11.5:a method for automatic detection of copy number alterations,subclones and for accurate estimation of contamination and main ploidy using deep-sequencing data Please specify a config file Usage: freec-conf<config file> See config.txt for example
